En un principio, el Instituto San José fue obra bandera de proyección social del Colegio de San José en Barranquilla, por el apoyo en su funcionamiento y en su economía.  Hoy el Instituto San José trabaja por su sostenibilidad.  Sus orígenes y evolución histórica se reseñan a continuación:

1917 – 1920:

El 17 de Agosto de 1917, el padre Luís Javier Muñoz, promueve la obra del Instituto San José, que se inauguró como la ESCUELA GRATUITA PARA OBREROS.   El 16 de Febrero de 1925 comienza la escuela nocturna con setenta alumnos. Para el año 1927 fue nombrado como director de la escuela nocturna el Padre José Segura.

1931 – 1940:

En 1935 se estableció que la escuela diurna de San José sería para niños pobres, inicia con veinte alumnos.  Era rector del colegio, el Padre Antonio María Pinilla, a quien algunos atribuyen la fundación del Instituto, aunque existe una gran mayoría, que opinan que el fundador fue el Hno. Eduardo Rodríguez; quien por esos años se desempeñaba en oficios varios en el colegio San José.  El 27 de Octubre de 1939, terminó tareas el Instituto Nocturno de Obreros San José, con un examen público de los alumnos en el patio del colegio y con abundancia de buenos premios gracias a la bondad de las MADRES CATÓLICAS, y al entusiasmo del padre Arístides Núñez.

1941 – 1950:

El Instituto San José en 1942 bajo la dirección del Padre Gabriel Ospina, mejora notablemente tanto en la planta física como en su organización externa.  El nombre de Instituto San José  se le atribuye al Padre Gabriel Ospina.  En 1943, el Instituto San José abrió sus tareas escolares con 250 niños, y para 1945, eran 350 alumnos y 7 profesores.

1981 – 1990:

El 31 de Julio de 1981 se inaugura la Biblioteca del Instituto. Brindaba educación a cerca de 1000 alumnos. El 7 de Diciembre de 1985 ofrecía a la sociedad la Primera Promoción de Bachilleres Comerciales. En 1987, siendo Director del Instituto el Padre Manuel Morales, nos informaba: “La subsistencia del Instituto San José se debe a muchos benefactores y simpatizantes como la Comunidad San José Compañía de Jesús en Barranquilla, sin cuyo concurso sería imposible su sostenimiento; a los antiguos alumnos del Colegio de San José, a la entidad Amigos de los Niños, al Estado que nos colabora con 7 Docentes, a la Asociación de Padres de Familia y a los padres de nuestros alumnos que nos apoyan en la actividades que se programan durante el año en beneficio del plantel”.

1991 – 2000:

En los últimos años, el Instituto San José se ha consolidado en su organización y bienestar. En 1993, a nivel de la Compañía tiene como Rector al mismo del Colegio de San José, pero a nivel de gobierno tiene como Director al Padre Manuel  Morales, figura como Jornada adicional del Colegio y de esta manera se beneficia de las ayudas que el Gobierno concede a estas instituciones, costeando 6 profesores en comisión. En el año de 1995, el día 11 de enero, toma posesión el Padre Fortunato Herrera como Director del Instituto San José.

El 29 de julio del mismo año, el Padre Juan José Briceño, músico compositor de varios Himnos para los colegios de la Compañía, obsequia la música para el Himno del Instituto. La introducción musical y la letra del mismo fue compuesta por el Padre Fortunato Herrera. La Secretaría de Educación Distrital concedió la Licencia de funcionamiento según Resolución No 0000308 con fecha 9 de Febrero de 2000 a los grados de PreJardín, Jardín y Transición en el nivel Preescolar; además para el nivel Básica y Media en la modalidad Técnica con énfasis Comercial.

2001- 2006:

Se  vinculó el cargo de Directora Académica para el área Funcional Académica. Es nombrado nuevo Rector del Instituto el Padre GILBERTO RODRÍGUEZ BRAVO, S.J. quien ha emprendido grandes acciones a fin de mejorar la calidad del servicio educativo y con ello el reto de lograr la Certificación de la Calidad. Se inicia entonces, el proceso de certificación según la Norma ISO 9001:2000, con mucho entusiasmo por parte de la Comunidad Educativa.

2006-2008:

El Instituto San José implementa un Sistema de mejoramiento de la Calidad acorde con la familia de ISO 9000 hasta recibir el Certificado de Calidad ICONTEC  con respecto a la Norma ISO 9001:2000 aplicado a la prestación del servicio educativo de educación preescolar, educación básica y educación media. La certificación del Sistema de Gestión de la Calidad permite demostrar el compromiso con la calidad y satisfacción del beneficiario, así como también con el compromiso de mejora continua en sus procesos.